Классов имелось только два — младший и старший, по шесть кадетов в каждом. По сложившейся традиции младшие кадеты были отданы на попечение старшим, которые имели право даже наказывать подопечных. Прекословить не приходилось, поскольку за возражением могла последовать затрещина. Степан Макаров, перейдя в старшее отделение и вскоре получив чин фельдфебеля, никогда не следовал такому примеру:

— Среди кадетов отношения должны быть товарищескими, а не отношения тиранов к начинающим учиться.

Впоследствии Степан Осипович подробно опишет училищный быт, не скрашивая его теневые стороны, о которых обычно стараются умалчивать:

«...Жили мы довольно дружно, только старшие обращались с нами гадко: они наказывали нас без обеда и за всякую малость, в особенности ежели в обеде были осетровые котлеты; тогда старший обыкновенно ставил всех маленьких во фрунт и осматривал все мелочи, за малейшую неисправность наказывал без второго кушания. Таким образом, в обед у старшего и его товарищей оказывались полные тарелки котлет. Тогда как у тех из маленьких, которые не были оставлены без второго кушания, были только по одной или по две (остальные они должны были добровольно отдавать)...»

Только один вид занятий в училище был поставлен превосходно — морская практика. Она с лихвой (при обязательной старательности самого кадета) компенсировала все недочеты по части теории. Практика начиналась после окончания классного обучения зимой. Кадеты старшего отделения с ранней весны до поздней осени уходили на кораблях Сибирской флотилии «Японец» и «Маньджур» в практическое плавание.

Младшие же штурманские кадеты оставались предоставленными самим себе, оставаясь под присмотром родителей. Отпуская их по домам, начальник училища подполковник Бабкин говорил: